Linux下怎么管理,升级R的libraries

  1. 能用APT之类的发行版自带工具升级就用这个工具好了。目前Ubuntu里面大约 有150个包,大部分时候就可以满足需求了。
  2. 如果要自己装一些包,最好设置一个固定的path. 方法是设置一个叫做 R_LIBS_USER 的环境变量。比如说我的 .bash_profile 里头有这么一句:
    export R_LIBS_USER="${HOME}/local/lib/R"

    这样 R 就会把包装到这个目录下,第一不用root权限,第二你以后管理起来也方便。

  3. 每次用 install.packages("foo") 的时候R都会问你选 CRAN mirror对吧? 要想让它用一个固定的也不难,在你自己的用户根目录下创建一个文件叫做 .Rprofile, 在里面写上:
    r <- getOption("repos")       
    r["CRAN"] <- "http://website/cran/"
    options(repos = r)
    rm(r)

    顺便说一下,每次你启动R, 它第一件事就是去读这个文件的内容。所以比如 说你自己写了一个顺手的小函数什么的都可以放在这里,用不着专门去打一个 包了。

  4. R的升级命令是 update.packages(). 但这个命令会试图升级你所有的包, 包括系统安装你没有权限也不想改动的。所以我都用这个命令升级:
    update.packages(lib.loc="/path/to/my/lib/R", checkBuilt=TRUE)

    “checkBuilt=TRUE” 的意思是即使某个包的版本号为最新,但如果它是在一个 老版本的 R 环境下编译的那就重新编译; lib.loc 变量,顾名思义,就是 说只升级这个目录下的包。

  5. 删除一个包。你可以直接去其目录裸删,也可以用 remove.packages(c("pkg1", "pkg2"))
  6. 偶尔有在CRAN 上找不到的包,只有一个zip或者tarball的形式。用以下命令安装:
    R CMD INSTALL --library=/path/to/my/R/lib foo_0.76.tar.gz

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