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cacheSweave使用简介

Posted by qiuxing in computing on 6月 29, 2011


介绍

我假设你了解并会使用Sweave. 如果你不知道Sweave但知道并会用R和LaTeX，我强烈建议你学一下Sweave. 一个Sweave文档基本上是LaTeX文档和R code的组合。我现在几乎所有的consulting的报告，一些教课的文档等都用Sweave来写了。 Emacs对Sweave(通过noweb-mode)的支持也还算可以。

就因为Sweave是联合体，每次编译Sweave都得要重新跑一遍里面的R code. 简单的consulting当然没有什么，但有些加了simulation的东西这样每次编译要重新跑就不现实了。cacheSweave/pgfSweave就是为了解决这个问题而写的。

安装

  • 先保证你的R版本够新（R>=2.12）. 如果你嫌用Ubuntu自带的R太老，你可 以加CRAN上的deb repository. 具体请google之。
  • 接下来你只要在R里 install.packages(c("filehash", "cacheSweave")) 一下即可。 filehash必须手动装（这应该 是cacheSweave的一个bug）。
  • Google并下载 Sweave.sh, 放到binary PATH里头。

基本使用

  • 正文例子. 基本上，就是在需要计算但不需要output verbatim/tex的code chunk上加参数 cache=TRUE . 当然，最好用 setCacheDir(cache) 设一个cache directory, 否则在你的working directory里会生成无数垃圾文件夹。
  • 命令行用法： 
    Sweave.sh -c foo.Rnw

    第一次跑当然不会变快，但第二次跑就应该几乎不花什么时间了。

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